29 marec, 2014

Kaj je mikrobiom že prinesel?

Naj se lotim razmišljanja o mikrobiomu, predvsem o njegovi komponenti v prebavilih, bolj pragmatično; deloma zato, ker celotnega biokemijskega ozadja presnovne fiziologije ne obvladam dovolj, da bi ga lahko uporabljal v argumentaciji, na drugi strani pa pogrešam v razpravah na trenutni ravni znanja premalo posluha za splošno evolucijsko presojo fenomena. Tudi v luči vpliva prehranskih vzorcev naših prednikov. Je pa nekaj točk, kjer se že z današnjo ravnijo znanja o mikrobiom(u)ih lahko okoristimo, celo ukrepamo. Zlasti ker je vloga mikrobioma v evoluciji vseh simbiontsko odvisnih organizmov (takšna pa so pravzaprav vsa organizemska občestva) nedvomna. Prepričan sem, da je odhod novorojenčka iz startnega bloka na njegov življenjski kros nujno potrebno podpreti s čim kvalitetnejšim mikrobiomom. Na današnji ravni znanja velja, da je najboljši mikrobni vcepek tisti, ki mu je zagotovljen s strani matere ob klasičnem porodu, nato pa v nadaljevanju z dojenjem, jutri pa bo to morda že determiniran farmacevtski pripravek. Druga, dovolj realna uporabnost novih znanj je uveljavitev spremembe doktrine pri uporabi antibiotikov in podpora antibiotske terapije s pro/preobiotično spremljevalno terapijo, čeprav je ta cilj bolj vprašljiv, saj že ima karakteristike poseganja v »black box«. Tretja domena uporabnih rešitev je vključevanje pro/prebiotskih pripravkov v zdravljenje disbiotičnih stanj (naj omenim samo obetavne rezultate s fekalnimi transplantati). Tu, kot v prejšnji kazuistiki, je v dragoceno pomoč mogoče vključiti mikrobno profiliranje črevesne vsebine, ki je v svetu že marsikje del diagnostične palete (http://www.gdx.net/product/10150). Četrta pa je danes zelo popularno, empirično prilagajanje prehranskih modelov, kjer je seveda black box riziko še toliko večji. Značilen primer razhajanja v pristopu je soočanje različnih modelov od »low carb«, preko vegetarijanskih do veganskih diet. Vse te seveda imajo učinek, saj je dokazljivo mogoče s prehranjevanjem spreminjati mikrobiom, celo relativno hitro, vendar končne napovedi učinkov na meta nivoju, vključno s sicer zelo zanimivimi, a vendarle vprašljivimi fenomeni na »gut-brain axis« so neprepričljive. Razne zelo fiksirane prehranske »promikrobiomske« sheme so še vse premalo podprte s statistično analitiko.

Vedno poudarjam, da me navdušuje intenzivnost raziskovanja mikrobioma, vendar moramo zaradi izkušenj pri podobnih »hype« projektih vključiti varovalke. Najprej, da se ne povampirijo različni »zaslužkarji« saj tudi znanost ni cepljenja proti tej nevarnosti. Nato, da ne nastane na tej točki nekritično »verovanje«, ki nujno potem pripelje do različnih prerokov, ti pa lahko naredijo dobri nameri veliko škodo. Zlasti v ZDA so npr. na tem področju zacveteli številni projekti; nič ni hudega da so konkurenčni, saj konkurenčnost izčiščuje, vendar projekti niso vedno enako kvalitetno preverjeni v tezah. Zaradi tega pa bo zopet lahko, ob delnih polomijah, ki bodo nujna posledica, trpela sama osnovna ideja. Težava pri vseh genomskih projektih je, da so neenakomerno podprti z metodološkim znanjem. Tak je npr. problem s človeškim genomom ter uvajanjem njegove rabe v personalno medicino in nekaj podobnega lahko pričakujemo v njegovem nadaljevanju, v mikrobiomskem projektu. Izjemno hitro razvijajoče tehnike sekveniranja so navrgle ogromne količine podatkov, ni pa še na voljo dovolj kvalitetnih metod za obdelavo teh »big data« podatkovnih baz, ki bi zadovoljivo odgovorile na bistvena vprašanja »vzrok – posledica«.

22 marec, 2014

Izbruh ebole v R. Gvineji

Pri izbruhu hemoragične mrzlice v Republiki Gvineji (nekdanji francoski Gvineji) naj bi po potrditvah francoskega laboratorija iz Lyona šlo za ebolo. Prvi primeri bolezni naj bi bili registrirani 9. februarja. Po obvestilih gvinejskih oblasti naj bi doslej  v prefekturah Gueckedou in Macenta zbolelo 89 ljudi, umrlo pa jih je 59. Na pomoč je priskočila tujina, predvsem iz skupine Zdravnikov brez meja, ki je na področje poslala ekipo 24 zdravnikov in drugega zdravstvenega osebja. Pojavil se je že sum, da so se pojavili primeri tudi že v sosednji Republiki Siera Leone zaradi tesne povezanosti obeh gospodarstev. Bolezen je izjemno kužna in zanjo je značilna velika smrtnost, ki lahko presega 80% obolelih.

03 marec, 2014

Kaj skriva Twitterjeva značka #microbiome

Študija v reviji Gut razkriva prve znake, da so morda bakterijski proteinski signali povezani s Chronovo boleznijo, kar ponuja nove poti v molekularni diagnostiki.

Če bomo upoštevali, da povsod z nami sobivajo in da nas po številu lastnosti in učinkov močno presegajo mikoorganizmi našega bivalnega okolja, ga bomo morda poslej znali učinkoviteje načrtovati za naše potrebe. Od izbire gradbenih materialov, do načrtovanja ogrevalnih in ventilaciskih sistemov do spremembe bivanjskih navad in higienskih normativov, kot to predstavlja prispevek v reviji Wired.

Odlična video predstavitev dogajanja v imunski obrambi črevesne sluznice v povezavi s kronično vnetno črevesno boleznijo iz revije Nature Immunology.

V obsežnem pregledu podatkov iz 15 samostojnih študij izstopa podatek o močni povezavi med rojstvom s carskim rezom in povečanim BMI, povečano težo in debelostjo v odrasli dobi. Ker število carskih rezov v svetu narašča je vredno odkriti razloge tega pojava, ki bi med drugim lahko imel vzrok tudi v različnem mikrobiomu pri vaginalnem ali pri rojstvu s carskim rezom.

Med desetimi najbolj izpostavljenimi tehnologijami, ki bodo oblikovale prihodnost najdemo tudi terapevtike, ki temeljijo na humanem mikrobiomu.